ProteoWizard
Class Index
a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | z
  a  
DefaultTabHandler (pwiz::util)    Match (pwiz::data::pepxml)    ProteinList_DecoyGenerator (pwiz::analysis)    SpectrumIdentityFromXML (pwiz::msdata)   
DelimReader (pwiz::identdata)    MatchData (pwiz::data::pepxml)    ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Reversed (pwiz::analysis)    SpectrumInfo (pwiz::msdata)   
Activation (pwiz::msdata)    DelimWriter (pwiz::identdata)    MatrixIO (pwiz::analysis)    ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Shuffled (pwiz::analysis)    SpectrumIterator (pwiz::msdata)   
AdaptedErrorDerivative (pwiz::frequency::DerivativeTest)    PrecursorMaskCodec::DemuxBoundary (pwiz::analysis)    MatrixIOTest    ProteinList_Filter (pwiz::analysis)    SpectrumList (pwiz::msdata)   
AdaptedErrorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)    DemuxDebugReader (pwiz::analysis)    meanfunctor (ralab::base::resample::utilities)    ProteinList_FilterPredicate_IdSet (pwiz::analysis)    SpectrumList_3D (pwiz::analysis)   
AlternativeProtein (pwiz::data::pepxml)    DemuxDebugRWTest    Measure (pwiz::identdata)    ProteinList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)    SpectrumList_ABI (pwiz::msdata::detail)   
AmbiguousResidue (pwiz::identdata)    DemuxDebugWriter (pwiz::analysis)    MemoryIndex (pwiz::data)    ProteinListCache (pwiz::proteome)    SpectrumList_ABI_T2D (pwiz::msdata::detail)   
AminoAcidModification (pwiz::data::pepxml)    DemuxHelpersTest    MemoryMRUCache (pwiz::msdata)    ProteinListFactory (pwiz::analysis)    SpectrumList_Agilent (pwiz::msdata::detail)   
AnalysisCollection (pwiz::identdata)    DemuxSolver (pwiz::analysis)    MetadataReporter (pwiz::analysis)    ProteinListSimple (pwiz::proteome)    SpectrumList_Bruker (pwiz::msdata::detail)   
AnalysisData (pwiz::identdata)    DemuxSolverTest    Mexican_Hat (ralab::base::filter::utilities)    ProteinListWrapper (pwiz::proteome)    SpectrumList_BTDX (pwiz::msdata)   
AnalysisProtocolCollection (pwiz::identdata)    DemuxTest    Mexican_Hat2 (ralab::base::filter::utilities)    ProteomeData (pwiz::proteome)    SpectrumList_ChargeFromIsotope (pwiz::analysis)   
AnalysisResult (pwiz::data::pepxml)    DemuxWindow (pwiz::analysis)    MixtureModel (pwiz::data::pepxml)    ProteomeDataFile (pwiz::proteome)    SpectrumList_ChargeStateCalculator (pwiz::analysis)   
AnalysisSampleCollection (pwiz::identdata)    Diff (pwiz::data)    ModAminoAcidMass (pwiz::data::pepxml)    Provider (pwiz::identdata)    SpectrumList_Demux (pwiz::analysis)   
AnalysisSoftware (pwiz::identdata)    DiffConfig (pwiz::msdata)    Modification (pwiz::proteome)    Publication (pwiz::tradata)    SpectrumList_Filter (pwiz::analysis)   
AnalysisSummary (pwiz::data::pepxml)    DiffConfig (pwiz::proteome)    Modification (pwiz::tradata)   
  q  
SpectrumList_FilterPredicate_ActivationType (pwiz::analysis)   
AnalysisTimestamp (pwiz::data::pepxml)    DiffConfig (pwiz::tradata)    Modification (pwiz::identdata)    SpectrumList_FilterPredicate_AnalyzerType (pwiz::analysis)   
analyzer_strings (pwiz::analysis)    DiffConfig (pwiz::identdata)    ModificationInfo (pwiz::data::pepxml)    Q3RatioResult (pwiz::data::pepxml)    SpectrumList_FilterPredicate_ChargeStateSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< MetadataReporter > (pwiz::analysis)    DigestedPeptide (pwiz::proteome)    ModificationList (pwiz::proteome)   
  r  
SpectrumList_FilterPredicate_DefaultArrayLengthSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RegionSIC > (pwiz::analysis)    DigestedPeptideLessThan    ModificationMap (pwiz::proteome)    SpectrumList_FilterPredicate_IdSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RegionSlice > (pwiz::analysis)    Digestion (pwiz::proteome)    mru_list (pwiz::util)    random_access_compressed_ifstream (pwiz::util)    SpectrumList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RegionTIC > (pwiz::analysis)    DistributionPoint (pwiz::data::pepxml)    MS2Deisotoper (pwiz::analysis)    RawMassDatum    SpectrumList_FilterPredicate_MSLevelSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RunSummary > (pwiz::analysis)    KernelTraits::Dummy (pwiz::math::MatchedFilter)    MS2NoiseFilter (pwiz::analysis)    Reader (pwiz::identdata)    SpectrumList_FilterPredicate_MzPresent (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< SpectrumBinaryData > (pwiz::analysis)   
  e  
MSData (pwiz::msdata)    Reader (pwiz::msdata)    SpectrumList_FilterPredicate_Polarity (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< SpectrumTable > (pwiz::analysis)    MSDataAnalyzer (pwiz::analysis)    Reader (pwiz::tradata)    SpectrumList_FilterPredicate_PrecursorMzSet (pwiz::analysis)   
AnotherRootHandler    Element (pwiz::chemistry::detail)    MSDataAnalyzerContainer (pwiz::analysis)    Reader (pwiz::proteome)    SpectrumList_FilterPredicate_ScanEventSet (pwiz::analysis)   
Handler::Attributes::attribute (pwiz::minimxml::SAXParser)    Index::Entry (pwiz::data)    MSDataAnalyzerDriver (pwiz::analysis)    Reader1    SpectrumList_FilterPredicate_ScanNumberSet (pwiz::analysis)   
Handler::Attributes (pwiz::minimxml::SAXParser)    EnumConstantNotPresentException    MSDataCache (pwiz::analysis)    Reader2    SpectrumList_FilterPredicate_ScanTimeRange (pwiz::analysis)   
XMLWriter::Attributes (pwiz::minimxml)    EnzymaticSearchConstraint (pwiz::data::pepxml)    MSDataFile (pwiz::msdata)    Reader_ABI (pwiz::msdata)    SpectrumList_FilterPredicate_ThermoScanFilter (pwiz::analysis)   
  b  
Enzyme (pwiz::identdata)    MSDataMerger (pwiz::msdata)    Reader_ABI_T2D (pwiz::msdata)    SpectrumList_IonMobility (pwiz::analysis)   
EnzymePtr_missedCleavages    MSDataWithSettableVersion    Reader_Agilent (pwiz::msdata)    SpectrumList_LockmassRefiner (pwiz::analysis)   
BadListener    EnzymePtr_specificity    DemuxTest::MSDPair    Reader_Bruker (pwiz::msdata)    SpectrumList_MetadataFixer (pwiz::analysis)   
BaseDiffConfig (pwiz::data)    Enzymes (pwiz::identdata)    MSIHandler (pwiz::util)    Reader_BTDX (pwiz::msdata)    SpectrumList_MGF (pwiz::msdata)   
basic_charcounter (pwiz::minimxml)    ParametrizedFunction::ErrorFunction (pwiz::frequency)    MSInspectRecordBuilder (pwiz::peptideid)    Reader_FASTA (pwiz::proteome)    SpectrumList_MSn (pwiz::msdata)   
BibliographicReference (pwiz::identdata)    ErrorPoint (pwiz::data::pepxml)    MSLevelSorter    Reader_MGF (pwiz::msdata)    SpectrumList_mzML (pwiz::msdata)   
Bin1D (ralab::base::resample)    EvenMS2Predicate    MSMSPipelineAnalysis (pwiz::data::pepxml)    Reader_MSn (pwiz::msdata)    SpectrumList_MZRefiner (pwiz::analysis)   
BinaryData (pwiz::util)    EvenPredicate    MSMSRunSummary (pwiz::data::pepxml)    Reader_mz5 (pwiz::msdata)    SpectrumList_MZWindow (pwiz::analysis)   
BinaryDataArray (pwiz::msdata)    EvenRequester    MSnHeader (pwiz::msdata)    Reader_mzML (pwiz::msdata)    SpectrumList_mzXML (pwiz::msdata)   
BinaryDataEncoder (pwiz::msdata)    Evidence (pwiz::tradata)    MSXDemultiplexer (pwiz::analysis)    Reader_mzXML (pwiz::msdata)    SpectrumList_PeakFilter (pwiz::analysis)   
BinaryIndexStream (pwiz::data)    ExtendedReaderList (pwiz::msdata)    MyBase    Reader_Shimadzu (pwiz::msdata)    SpectrumList_PeakPicker (pwiz::analysis)   
Bucket1D (ralab::base::resample)    ExtraZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)    MyPred    Reader_Thermo (pwiz::msdata)    SpectrumList_PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)   
  c  
  f  
MyWrapper    Reader_UIMF (pwiz::msdata)    SpectrumList_PrecursorRefine (pwiz::analysis)   
MZIntensityPair (pwiz::msdata)    Reader_UNIFI (pwiz::msdata)    SpectrumList_ScanSummer (pwiz::analysis)   
SpectrumListCache::CacheEntry (pwiz::msdata)    Feature (pwiz::data::peakdata)    mzrtEqual    Reader_Waters (pwiz::msdata)    SpectrumList_Shimadzu (pwiz::msdata::detail)   
CalibrationParameters (pwiz::data)    FeatureDetector (pwiz::analysis)    MZRTField (pwiz::analysis)    Reader1::ReaderConfig    SpectrumList_Smoother (pwiz::analysis)   
CancelListener    FeatureDetectorPeakel (pwiz::analysis)    MZTolerance (pwiz::chemistry)    Reader2::ReaderConfig    SpectrumList_Sorter (pwiz::analysis)   
CancelProgressCallback    FeatureDetectorSimple (pwiz::analysis)   
  n  
ReaderFail (pwiz::msdata)    SpectrumList_SorterPredicate_ScanStartTime (pwiz::analysis)   
basic_charcounter::category (pwiz::minimxml)    FeatureFile (pwiz::data::peakdata)    ReaderFail (pwiz::proteome)    SpectrumList_Thermo (pwiz::msdata::detail)   
CharIndexedVector (pwiz::util)    FeatureModeler (pwiz::analysis)    nativeID_less (pwiz::peptideid)    ReaderFail (pwiz::tradata)    SpectrumList_TitleMaker (pwiz::analysis)   
CharIndexedVectorConstIterator (pwiz::util)    FeatureModeler_Gaussian (pwiz::analysis)    NestedHandler    ReaderFail (pwiz::identdata)    SpectrumList_UIMF (pwiz::msdata::detail)   
CharIndexedVectorIterator (pwiz::util)    Fifth    NNLSSolver (pwiz::analysis)    ReaderList (pwiz::identdata)    SpectrumList_UNIFI (pwiz::msdata::detail)   
Chromatogram (pwiz::msdata)    FifthHandler    PeakFamilyDetectorFT::NoDataException (pwiz::analysis)    ReaderList (pwiz::msdata)    SpectrumList_Waters (pwiz::msdata::detail)   
ChromatogramDataFilter (pwiz::analysis)    FileContent (pwiz::msdata)    Noise (pwiz::analysis)    ReaderList (pwiz::tradata)    SpectrumList_ZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)   
ChromatogramIdentity (pwiz::msdata)    FileDescription (pwiz::msdata)    NoiseCalculator (pwiz::analysis)    ReaderList (pwiz::proteome)    SpectrumListBase (pwiz::msdata)   
ChromatogramList (pwiz::msdata)    Filter (pwiz::identdata)    NoiseCalculator_2Pass (pwiz::analysis)    ReaderTestConfig (pwiz::util)    SpectrumListCache (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_ABI (pwiz::msdata::detail)    FilterWrapper    NoVendorPeakPickingException (pwiz::analysis)    MSIHandler::Record (pwiz::util)    SpectrumListFactory (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_Agilent (pwiz::msdata::detail)    First    NthPower (ralab::base::stats)    PepxmlRecordReader::record (pwiz::analysis)    SpectrumListIonMobilityBase (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_Bruker (pwiz::msdata::detail)    FirstHandler   
  o  
Record (pwiz::proteome::AminoAcid::Info)    SpectrumListSimple (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_Filter (pwiz::analysis)    FlatRecordBuilder (pwiz::peptideid)    PeptideID::Record (pwiz::peptideid)    SpectrumListWrapper (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)    Formula (pwiz::chemistry)    OBO (pwiz::data)    Record (pwiz::chemistry::Element::Info)    SpectrumPeakExtractor (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_LockmassRefiner (pwiz::analysis)    FragmentArray (pwiz::identdata)    once_flag_proxy (pwiz::util)    IPIFASTADatabase::Record (pwiz::proteome)    SpectrumPeakExtractorTest   
ChromatogramList_mzML (pwiz::msdata)    Fragmentation (pwiz::proteome)    OneMinusAbs    RegexCVMap (pwiz::identdata)    SpectrumQuery (pwiz::data::pepxml)   
ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother (pwiz::analysis)    FrequencyData (pwiz::data)    OrderedPair (pwiz::math)    RegionAnalyzer (pwiz::analysis)    RegionAnalyzer::SpectrumStats (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_Shimadzu (pwiz::msdata::detail)    FrequencyEstimator (pwiz::frequency)    OrderedPairContainerRef (pwiz::math)    RegionSIC (pwiz::analysis)    SpectrumTable (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_Thermo (pwiz::msdata::detail)    FrequencyEstimatorPhysicalModel (pwiz::frequency)    Organization (pwiz::identdata)    RegionSlice (pwiz::analysis)    SpectrumWorkerThreads (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_Waters (pwiz::msdata::detail)    FrequencyEstimatorSimple (pwiz::frequency)    organization_p (pwiz::identdata)    RegionTIC (pwiz::analysis)    SquareRoot (ralab::base::resample)   
ChromatogramList_XICGenerator (pwiz::analysis)    FTMSCompFunctor (ralab::base::resample)    XMLWriter::OutputObserver (pwiz::minimxml)    Residue (pwiz::identdata)    RegionAnalyzer::Stats (pwiz::analysis)   
ChromatogramListBase (pwiz::msdata)    FTSieve    OverlapDemultiplexer (pwiz::analysis)    RetentionTime (pwiz::tradata)    Stats (pwiz::math)   
ChromatogramListFactory (pwiz::analysis)   
  g  
  p  
ridgeLine    Handler::Status (pwiz::minimxml::SAXParser)   
ChromatogramListSimple (pwiz::msdata)    RocDataPoint (pwiz::data::pepxml)    StringMatchCVMap (pwiz::identdata)   
ChromatogramListWrapper (pwiz::analysis)    Gauss (ralab::base::filter::utilities)    pairData    Root    SubstitutionModification (pwiz::identdata)   
ClickwrapPrompter (pwiz::util)    Gauss_1deriv (ralab::base::filter::utilities)    Parabola (pwiz::math)    RootHandler   
  t  
Image::Color (pwiz::util)    Goober    ParamContainer (pwiz::data)    rtimeMap   
Component (pwiz::msdata)   
  h  
Parameter (pwiz::data::pepxml)    RTMatches_Any (pwiz::analysis)    TabHandler (pwiz::util)   
ComponentList (pwiz::msdata)    Software::Parameter (pwiz::data::peakdata)    RTMatches_Contains (pwiz::analysis)    TabReader (pwiz::util)   
Compound (pwiz::tradata)    Handler (pwiz::minimxml::SAXParser)    ParameterEstimator (pwiz::frequency)    RTMatches_IsContainedIn (pwiz::analysis)    TabularConfig (pwiz::analysis)   
FrequencyEstimatorPhysicalModel::Config (pwiz::frequency)    HandlerFeature (pwiz::data::peakdata)    ParametrizedCosine    Run (pwiz::msdata)    Target (pwiz::msdata)   
PeakDetectorMatchedFilter::Config (pwiz::frequency)    HandlerPeak (pwiz::data::peakdata)    ParametrizedDerivativeSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)    RunSummary (pwiz::analysis)    Target (pwiz::tradata)   
Reader::Config (pwiz::identdata)    HandlerPeakel (pwiz::data::peakdata)    ParametrizedFunction (pwiz::frequency)   
  s  
TargetList (pwiz::tradata)   
Reader1::Config    HasBinaryDataPredicate    ParametrizedFunctionSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)    Term (pwiz::data)   
Reader2::Config    HasID (pwiz::data::diff_impl)    ParamGroup (pwiz::data)    Same (pwiz::data::diff_impl)    TestAminoAcid   
Serializer_mzIdentML::Config (pwiz::identdata)    HermiteInterpolate (ralab::base::base::utilities)    SpectrumList_Demux::Params (pwiz::analysis)    SameDeep (pwiz::data::diff_impl)    TestChargeStateCalculator   
Serializer_pepXML::Config (pwiz::identdata)   
  i  
MSXDemultiplexer::Params (pwiz::analysis)    Sample (pwiz::msdata)    TestData   
Serializer_protXML::Config (pwiz::identdata)    OverlapDemultiplexer::Params (pwiz::analysis)    Sample (pwiz::identdata)    TestDatum   
Serializer_Text::Config (pwiz::identdata)    id_p (pwiz::identdata)    parentIon    SampleDatum (pwiz::data)    TestDeisotopeCalculator   
PepxmlRecordReader::Config (pwiz::analysis)    IDemultiplexer (pwiz::analysis)    Peak (pwiz::data::peakdata)    SampledData (pwiz::math::MatchedFilter)    TestDeisotoper   
MSDataCache::Config (pwiz::analysis)    IdentData (pwiz::identdata)    Peak (pwiz::analysis)    SampleEnzyme (pwiz::data::pepxml)    TestETDMassFilter   
RegionAnalyzer::Config (pwiz::analysis)    IdentDataFile (pwiz::identdata)    PeakData (pwiz::data::peakdata)    SamplingWith (ralab::base::resample)    TestFormula   
RegionSIC::Config (pwiz::analysis)    Identifiable (pwiz::identdata)    PeakDetector (pwiz::frequency)    SavitzkyGolaySmoother (pwiz::analysis)    TestFragmentation   
RegionSlice::Config (pwiz::analysis)    IdentifiableParamContainer (pwiz::identdata)    PeakDetector (pwiz::analysis)    saxstring (pwiz::minimxml::SAXParser)    TestInfo   
RegionTIC::Config (pwiz::analysis)    IInterpolation    PeakDetectorMatchedFilter (pwiz::frequency)    Scan (pwiz::data::peakdata)    TestIterationListener   
BinaryDataEncoder::Config (pwiz::msdata)    Image (pwiz::util)    PeakDetectorNaive (pwiz::frequency)    Scan (pwiz::msdata)    TestIterationListener_WithCancel   
RunSummary::Config (pwiz::analysis)    Index (pwiz::data)    Peakel (pwiz::data::peakdata)    ScanList (pwiz::msdata)    TestListener   
SpectrumBinaryData::Config (pwiz::analysis)    Index_mzML (pwiz::msdata)    PeakelGrower (pwiz::analysis)    ScanSettings (pwiz::msdata)    TestMetadataFixer   
SpectrumTable::Config (pwiz::analysis)    SpectrumList_mzXML::index_not_found (pwiz::msdata)    PeakelGrower_Proximity (pwiz::analysis)    ScanWindow (pwiz::msdata)    TestModification   
FeatureDetectorPeakel::Config (pwiz::analysis)    IndexList (pwiz::msdata)    PeakelPicker (pwiz::analysis)    PeakDetectorMatchedFilter::Score (pwiz::frequency)    TestModifiedPeptide   
PeakelGrower_Proximity::Config (pwiz::analysis)    IndexList (pwiz::proteome)    PeakelPicker_Basic (pwiz::analysis)    scoreChain    TestMS2Denoise   
Reader::Config (pwiz::msdata)    Inputs (pwiz::identdata)    PeakExtractor (pwiz::analysis)    SearchDatabase (pwiz::data::pepxml)    TestOperator   
Serializer_mzML::Config (pwiz::msdata)    Instrument (pwiz::tradata)    PeakFamily (pwiz::data::peakdata)    SearchDatabase (pwiz::identdata)    TestOutputObserver   
Serializer_mzXML::Config (pwiz::msdata)    InstrumentConfiguration (pwiz::msdata)    PeakFamilyDetector (pwiz::analysis)    SearchHit (pwiz::data::pepxml)    TestPair   
NoiseCalculator_2Pass::Config (pwiz::analysis)    IntegerSet (pwiz::util)    PeakFamilyDetectorFT (pwiz::analysis)    SearchModification (pwiz::identdata)    TestPathmask   
SpectrumIterator::Config (pwiz::msdata)    Interpretation (pwiz::tradata)    PeakFinder (pwiz::analysis)    SearchResult (pwiz::data::pepxml)    TestPathPredicate (pwiz::util)   
PeakelPicker_Basic::Config (pwiz::analysis)    IntegerSet::Interval (pwiz::util)    PeakFinder_SNR (pwiz::analysis)    SearchScore (pwiz::data::pepxml)    TestPeptide   
PeakFamilyDetectorFT::Config (pwiz::analysis)    IonType (pwiz::identdata)    PeakFitter (pwiz::analysis)    SearchSummary (pwiz::data::pepxml)    TestReader   
PeakFinder_SNR::Config (pwiz::analysis)    IPIFASTADatabase (pwiz::proteome)    PeakFitter_Parabola (pwiz::analysis)    Second    TestScanSummerCalculator   
PeakFitter_Parabola::Config (pwiz::analysis)    IPrecursorMaskCodec (pwiz::analysis)    PeakPicker (ralab::base::ms)    SecondHandler    TestSpectrumInfo   
Digestion::Config (pwiz::proteome)    Is_T2D_Directory    Pep2MzIdent (pwiz::identdata)    SelectedIndexPredicate    TestThresholder   
Reader_FASTA::Config (pwiz::proteome)    IsDirectory    Peptide (pwiz::proteome)    SelectedIon (pwiz::msdata)    TextWriter (pwiz::msdata)   
Serializer_FASTA::Config (pwiz::proteome)    IsIMSData    Peptide (pwiz::tradata)    seq_p (pwiz::identdata)    TextWriter (pwiz::proteome)   
MS2Deisotoper::Config (pwiz::analysis)    isoChain    Peptide (pwiz::identdata)    SeqMinus (ralab::base::base::utilities)    TextWriter (pwiz::tradata)   
MS2NoiseFilter::Config (pwiz::analysis)    IsolationWindow (pwiz::msdata)    PeptideEvidence (pwiz::identdata)    SeqPlus (ralab::base::base::utilities)    TextWriter (pwiz::identdata)   
PrecursorMassFilter::Config (pwiz::analysis)    IsolationWindow (pwiz::analysis)    PeptideHypothesis (pwiz::identdata)    sequence_p (pwiz::identdata)    ThreadStatus   
PrecursorRecalculatorDefault::Config (pwiz::analysis)    IsolationWindowFilter (pwiz::analysis)    PeptideID (pwiz::peptideid)    SequenceCollection (pwiz::identdata)    ThresholdFilter (pwiz::analysis)   
IsotopeEnvelopeEstimator::Config (pwiz::chemistry)    Isotope (pwiz::chemistry::detail)    PeptideID_flat (pwiz::peptideid)    Serializer_FASTA (pwiz::proteome)    TimeIntensityPair (pwiz::msdata)   
XMLWriter::Config (pwiz::minimxml)    IsotopeCalculator (pwiz::chemistry)    PeptideID_pepXml (pwiz::peptideid)    Serializer_MGF (pwiz::msdata)    Timer (pwiz::util)   
Configuration (pwiz::tradata)    isotopeChain    PeptideIDMap (pwiz::peptideid)    Serializer_MSn (pwiz::msdata)    TraData (pwiz::tradata)   
Digestion::const_iterator (pwiz::proteome)    IsotopeEnvelopeEstimator (pwiz::chemistry)    PeptideProphetResult (pwiz::data::pepxml)    Serializer_mzIdentML (pwiz::identdata)    TraDataFile (pwiz::tradata)   
BinaryData::const_iterator (pwiz::util)    IsotopeTable (pwiz::chemistry)    PeptideProphetSummary (pwiz::data::pepxml)    Serializer_mzML (pwiz::msdata)    Transition (pwiz::tradata)   
Contact (pwiz::msdata)    IsoWindowHasher (pwiz::analysis)    PepxmlRecordReader (pwiz::analysis)    Serializer_mzXML (pwiz::msdata)    TranslationTable (pwiz::identdata)   
Contact (pwiz::tradata)    IsRawData    PepXMLSpecificity (pwiz::identdata)    Serializer_pepXML (pwiz::identdata)    TruncatedLorentzian (pwiz::frequency)   
Contact (pwiz::identdata)    IsRawFile    Person (pwiz::identdata)    Serializer_protXML (pwiz::identdata)    TruncatedLorentzianEstimator (pwiz::frequency)   
ContactRole (pwiz::identdata)    IsTDF    person_p (pwiz::identdata)    Serializer_Text (pwiz::identdata)    TruncatedLorentzianParameters (pwiz::frequency)   
Convert2Dense (ralab::base::resample)    IsWiffFile    pinned_gcroot (msclr)    Serializer_traML (pwiz::tradata)   
  u  
Correlation (pwiz::math::MatchedFilter)    IterationListener (pwiz::util)    Image::Point (pwiz::util)    SetRetentionTime   
CosineInterpolate (ralab::base::base::utilities)    IterationListenerRegistry (pwiz::util)    PPMCompFunctor (ralab::base::resample)    SHA1_ostream (pwiz::util)    IterationListener::UpdateMessage (pwiz::util)   
CSHA1    IntegerSet::Iterator (pwiz::util)    Precursor (pwiz::msdata)    SHA1_WORKSPACE_BLOCK    usage_exception (pwiz::util)   
CubicHermiteSpline (pwiz::analysis)    PeptideID::Iterator (pwiz::peptideid)    Precursor (pwiz::tradata)    SHA1Calculator (pwiz::util)    user_error (pwiz::util)   
CubicHermiteSplineTest    BinaryData::iterator (pwiz::util)    precursorGroup    SHA1Filter (pwiz::util)    UserParam (pwiz::data)   
CubicInterpolate (ralab::base::base::utilities)    PeptideID::IteratorInternal (pwiz::peptideid)    SpectrumInfo::PrecursorInfo (pwiz::msdata)    SHA1OutputObserver (pwiz::msdata)    UserParamNameIs   
CustomPair   
  k  
PrecursorRecalculator::PrecursorInfo (pwiz::analysis)    SHA1SymmetricFilter (pwiz::util)   
  v  
CV (pwiz::cv)    SpectrumList_PrecursorRefine::PrecursorInfo (pwiz::analysis)    shared_map (pwiz::util)   
CVIDMatchCVMap (pwiz::identdata)    KernelTraits (pwiz::math::MatchedFilter)    PrecursorMaskCodec (pwiz::analysis)    SpectrumIterator::Sieve (pwiz::msdata)    Validation (pwiz::tradata)   
CVMap (pwiz::identdata)    KernelTraitsBase (pwiz::math::MatchedFilter)    PrecursorMassFilter (pwiz::analysis)    Simple    VectorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)   
CVParam (pwiz::data)    KernelTraitsBase< Y(*)(X)> (pwiz::math::MatchedFilter)    PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)    SimpleAnalyzer    VectorTabHandler (pwiz::util)   
CVParamIs (pwiz::data)   
  l  
PrecursorRecalculatorDefault (pwiz::analysis)    SimplePeakArea (ralab::base::ms)    SpectrumList_Waters::VendorOptions (pwiz::msdata::detail)   
CVParamIsChildOf (pwiz::data)    ProteinList_DecoyGenerator::Predicate (pwiz::analysis)    SimplePicker (ralab::base::ms)    Version (pwiz::tradata)   
CVTermInfo (pwiz::cv)    LegacyAdapter_Instrument (pwiz::msdata)    ProteinList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)    SimpleProgressCallback    Version (pwiz::msdata)   
CVTranslator (pwiz::data)    LegacyAdapter_Software (pwiz::msdata)    SpectrumList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)    Smoother (pwiz::analysis)    Version (pwiz::analysis)   
CwtPeakDetector (pwiz::analysis)    LinearInterpolate (ralab::base::base::utilities)    ChromatogramList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)    Software (pwiz::msdata)    Version (pwiz::proteome)   
  d  
LinearLeastSquares (pwiz::math)    SpectrumList_Sorter::Predicate (pwiz::analysis)    Software (pwiz::data::peakdata)    Version (pwiz::identdata)   
LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_LU > (pwiz::math)    Prediction (pwiz::tradata)    Software (pwiz::tradata)    Version (pwiz)   
DaCompFunctor (ralab::base::resample)    LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_QR > (pwiz::math)    PrintAttribute    software_p (pwiz::identdata)    virtual_map (pwiz::util)   
DatabaseTranslation (pwiz::identdata)    LinearSolver (pwiz::math)    PrintEventHandler    SourceFile (pwiz::identdata)   
  w  
DataCollection (pwiz::identdata)    LinearSolver< LinearSolverType_LU > (pwiz::math)    ProcessingMethod (pwiz::msdata)    SourceFile (pwiz::msdata)   
DataFilter (pwiz::data::pepxml)    LinearSolver< LinearSolverType_QR > (pwiz::math)    Product (pwiz::msdata)    Specificity (pwiz::data::pepxml)    WhittakerSmoother (pwiz::analysis)   
MSDataAnalyzer::DataInfo (pwiz::analysis)    LocalMaximumPeakDetector (pwiz::analysis)    Product (pwiz::tradata)    SpectraData (pwiz::identdata)    ProteomeDataFile::WriteConfig (pwiz::proteome)   
DataProcessing (pwiz::msdata)    LocalMinPeakArea (ralab::base::ms)    ProductSpace (pwiz::math::MatchedFilter)    Spectrum (pwiz::msdata)    MSDataFile::WriteConfig (pwiz::msdata)   
DatasetDerivation (pwiz::data::pepxml)    PeptideID::Location (pwiz::peptideid)    MSDataAnalyzerDriver::ProgressCallback (pwiz::analysis)    SpectrumBinaryData (pwiz::analysis)    TraDataFile::WriteConfig (pwiz::tradata)   
Datum    location_less (pwiz::peptideid)    Protein (pwiz::proteome)    SpectrumDataFilter (pwiz::analysis)    IdentDataFile::WriteConfig (pwiz::identdata)   
DBSequence (pwiz::identdata)    Lock (pwiz::util)    Protein (pwiz::tradata)    SpectrumIdentification (pwiz::identdata)    WriteCVParam   
dbsequence_p (pwiz::identdata)   
  m  
ProteinAmbiguityGroup (pwiz::identdata)    SpectrumIdentificationItem (pwiz::identdata)   
  x  
DefaultArrayLengthSorter    ProteinDetection (pwiz::identdata)    SpectrumIdentificationList (pwiz::identdata)   
DefaultReaderList (pwiz::msdata)    MagnitudeLorentzian (pwiz::frequency)    ProteinDetectionHypothesis (pwiz::identdata)    SpectrumIdentificationProtocol (pwiz::identdata)    XMLWriter (pwiz::minimxml)   
DefaultReaderList (pwiz::proteome)    MascotReader (pwiz::identdata)    ProteinDetectionList (pwiz::identdata)    SpectrumIdentificationResult (pwiz::identdata)   
  z  
DefaultReaderList (pwiz::tradata)    MassAbundance (pwiz::chemistry)    ProteinDetectionProtocol (pwiz::identdata)    SpectrumIdentity (pwiz::msdata)   
DefaultReaderList (pwiz::identdata)    MassTable (pwiz::identdata)    ProteinList (pwiz::proteome)    SpectrumIdentityFromMzXML (pwiz::msdata)    ZeroSampleFiller (pwiz::analysis)   
a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | z