Si vous utilisez Jenkins sur un intranet (ou d'autres environnements "de confiance"), il est souvent préférable de laisser cette case décochée, ce qui permet à chaque développeur de configurer son propre projet sans vous déranger.
Si vous exposez Jenkins sur internet, vous devez activer cette option. Jenkins lance des processes, donc une installation non-sécurisée de Jenkins est un bon moyen d'attirer les hackers.
Pour plus d'informations sur la sécurité dans Jenkins, voir ce document.