/*
 *  
 *  $Id: visualizatorstudy.cpp $
 *  Ginkgo CADx Project
 *
 *  Copyright 2008-14 MetaEmotion S.L. All rights reserved.
 *  http://ginkgo-cadx.com
 *
 *  This file is licensed under LGPL v3 license.
 *  See License.txt for details
 *
 *
 */
//#define _GINKGO_TRACE

#include <wx/app.h>
#include <wx/xml/xml.h>
#include <wx/file.h>
#include <wx/filename.h>
#include <wx/mstream.h>

#include <api/globals.h>
//#include <api/filename.h>
#include <api/toolsystem/itoolsregistry.h>
#include <api/ientorno.h>

#include <api/dicom/idicommanager.h>
#include <api/dicom/idicomizador.h>
#include <api/controllers/icontroladorcarga.h>
#include <api/imodelointegracion.h>
#include <main/controllers/historycontroller.h>

#include <main/entorno.h>

#include "visualizatorstudy.h"

#include <vtkPointData.h>
#include <vtkImageData.h>


GNKVisualizator::VisualizatorStudy::VisualizatorStudy(){
	GTRACE(">> VisualizatorStudy::VisualizatorStudy()" << this);
	GTRACE("<< VisualizatorStudy::VisualizatorStudy()" << this);
}

GNKVisualizator::VisualizatorStudy::~VisualizatorStudy(){
	GTRACE(">> VisualizatorStudy::~VisualizatorStudy()" << this);
	ListaOverlays.clear();
	GTRACE("<< VisualizatorStudy::~VisualizatorStudy()" << this);
}


void GNKVisualizator::VisualizatorStudy::InitializeContext(long seriesPk)
{
	GNC::GCS::IHistoryController::LightFileModelList fileModels;
	GNC::GCS::HistoryController::Instance()->GetSeriesSortedFileModels(seriesPk, fileModels);

	std::list<std::string> rutas;
	for (GNC::GCS::IHistoryController::LightFileModelList::iterator itFile = fileModels.begin(); itFile != fileModels.end(); ++itFile) 
	{
		rutas.push_back((*itFile).real_path);
	}

	GNC::GCS::IStudyContext::InitializeContext(rutas);
	ListaOverlays.clear();
	for (std::list<std::string>::const_iterator it = rutas.begin(); it != rutas.end(); ++it)
	{
		ListaOverlays.push_back(NULL);
	}
	Loader->SetInput(rutas.front());
}

bool GNKVisualizator::VisualizatorStudy::TieneOverlaysImagenActiva()
{
	return TieneOverlaysImagen(ActiveFileIndex);
}

bool GNKVisualizator::VisualizatorStudy::TieneOverlaysImagen(const int indice)
{
	//se pillan los overlays de la imagen original
	if(ListaOverlays[indice].IsValid()) {
		return ListaOverlays[indice]->size()>0;
	} else {
		GNC::GCS::Ptr<GIL::DICOM::DicomDataset> jerarq = GetTagsImage(indice);
		if (jerarq.IsValid()) {
			for(GIL::DICOM::ListaTags::iterator it = jerarq->tags.begin(); it != jerarq->tags.end(); ++it) {
				if((*it).first.substr(0,2) == "60") {
					return true;
				}
			}
			return false;
		} else {
			return false;
		}
	}
}

GNC::GCS::Ptr<GNKVisualizator::TListaOverlays> GNKVisualizator::VisualizatorStudy::GetOverlaysImagenActiva()
{
	return GetOverlaysImagen(ActiveFileIndex);
}

GNC::GCS::Ptr<GNKVisualizator::TListaOverlays> GNKVisualizator::VisualizatorStudy::GetOverlaysImagen(const int indice)
{
	if(!ListaOverlays[indice].IsValid()) {
		ListaOverlays[indice] = new TListaOverlays();

		GIL::DICOM::IDICOMManager* pDICOMManager= GNC::GCS::IEntorno::Instance()->GetPACSController()->CrearInstanciaDeDICOMManager();
		pDICOMManager->CargarFichero(Files[indice]->PathOfFile);		
		int filasImagen,columnasImagen;
		//los overlays van en los grupos pares de 6000 a 601E, ver parte 5 del standard "repeating groups"
		if(pDICOMManager->GetTag(0x0028,0x0010,filasImagen) && pDICOMManager->GetTag(0x0028,0x0011,columnasImagen)) {
			int idOver = 0;
			for(int grupo = 0x6000; grupo <0x601E; grupo+=2)
			{
				int filas,columnas;
				std::string nombreCapa;
				std::string origen, tipo;
				GIL::DICOM::TagPrivadoUndefined overlayData;
				int bitPosition,bitsAllocated;
				if(pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0010,filas) && pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0011,columnas)
					&& pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0102,bitPosition) && pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0100,bitsAllocated)){
						//TODO: si no es del tamanio de la imagen de momento no lo tratamos, tendremos que crear una imagen del tamanio adecuado y pegar el roi en su sitio
						if(filas!= filasImagen || columnas!=columnasImagen) {
							continue;
						}
						pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0040,tipo);
						//TODO TRATAR DISTINTOS A LOS ROI por ejemplo mostrar la media y todo eso...
						if(!pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0022,nombreCapa)){
							std::ostringstream ostrNombre;
							ostrNombre <<"Capa " << idOver;
							nombreCapa = ostrNombre.str();
						}
						TOverlay over(nombreCapa,grupo);
						idOver++;

						if(bitPosition==0 && bitsAllocated==1 && pDICOMManager->GetTag(grupo,0x3000,overlayData)) {
							//este es el caso en el que la capa overlay esta especificada aparte, no usando bits d la imagen
							//se copia la imagen
							vtkImageData* pimg = vtkImageData::New();
							over.img = pimg;
							pimg->Delete();
							over.img->SetDimensions(columnas,filas,1);
							over.img->SetScalarTypeToUnsignedChar();
							over.img->SetNumberOfScalarComponents(1);
							{								
								float x,y;
								x=1.0f;
								y=1.0f;
								if(pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0050,origen)){
									std::istringstream issl(origen);
									issl >> x;
									if(!issl.eof()){
										char c;
										issl>>c;//la barra
										issl>>y;
									}
								}
								over.img->SetOrigin(x,y,1.0f);
							}
							over.img->AllocateScalars();

							unsigned char* pData = (unsigned char*)over.img->GetScalarPointer();
							const unsigned char * ptr = (const unsigned char *)overlayData.GetValor();

							int size = overlayData.GetSize();
							int sizeOfImage = filas*columnas;
							//double tuple[1] = {0.0f};
							char tmp,c;
							int off = 0;
							for(int i=0; i<size; i++){
								c = (const unsigned char) (ptr[i]);
								tmp = 1;
								for(int j=0; j<8 && off<sizeOfImage; j++){
									if((tmp & c)==0) {
										pData[off++] = 0;
									} else {
										pData[off++] = 1;
									}
									tmp<<=1;
								}
							}
							ListaOverlays[indice]->push_back(over);
						} else {
							int bitsAllocatedImagen;
							//en este caso el overlay esta en el pixeldata, esta retired pero asi funcionan tb los viejos
							if(pDICOMManager->GetTag(0x0028,0x0100,bitsAllocatedImagen) && pDICOMManager->GetTag(0x7fe0,0x0010,overlayData) && overlayData.GetSize() > 0) {
								vtkImageData* tmp = vtkImageData::New();
								over.img = tmp;
								tmp->Delete();
								over.img->SetDimensions(columnas,filas,1);
								over.img->SetScalarTypeToUnsignedChar();
								over.img->SetNumberOfScalarComponents(1);
								{									
									float x,y;
									x=1.0f;
									y=1.0f;
									if(pDICOMManager->GetTag(grupo,0x0050,origen)){
										std::istringstream issl(origen);
										issl >> x;
										if(!issl.eof()){
											char c;
											issl>>c;//la barra
											issl>>y;
										}
									}
									over.img->SetOrigin(x,y,1.0f);
								}
								over.img->AllocateScalars();

								unsigned char* pData = (unsigned char*)over.img->GetScalarPointer();
								const unsigned char * ptr = (const unsigned char *)overlayData.GetValor();

								int size = overlayData.GetSize();
								//int sizeOfImage = filas*columnas;
								//double tuple[1] = {0.0f};
								if(bitsAllocatedImagen == 8 && bitPosition<8) {
									//se itera caracter a caracter...
									char mascara,c;
									int off = 0;
									mascara = 1;
									mascara <<= bitPosition;
									int desplazamiento;
									for (int y = 0; y < filas; y++) {
										desplazamiento = y*columnas;
										for (int x = 0; x < columnas && off < size; x++) {
											c = (unsigned char) *(ptr + desplazamiento + x);
											if((mascara & c)==0) {
												pData[off++] = 0;
											} else {
												pData[off++] = 1;
											}
										}
									}
									ListaOverlays[indice]->push_back(over);
								} else if(bitsAllocatedImagen == 16 && bitPosition<16){
									//se itera con 16 bits...
									unsigned char mascara;
									unsigned char* c;
									int off=0;
									unsigned char bitAConsultar = 0;
									if(bitPosition<8) {
										mascara = 1;
										mascara <<= bitPosition;
									} else {
										mascara = 1;
										mascara <<= (bitPosition-8);
										bitAConsultar = 1;
									}
									int desplazamiento;
									for (int y = 0; y < filas; y++) {
										desplazamiento = y*columnas;
										for (int x = 0; x < columnas && off < size; ++x) {
											c = (unsigned char*) (ptr + 2*(desplazamiento + x)+bitAConsultar);
											if((mascara & (*c))==0) {
												pData[off++] = 0;
											} else {
												pData[off++] = 1;
											}
										}
									}
									ListaOverlays[indice]->push_back(over);
								}//else bits allocated
							}//if get pixel data y comprobaciones
						}//else overlay por separado
				}//if columnas, bits...
			}//for overlays
		}//si esta especificado filas/columnas de la imagen
		GNC::GCS::IEntorno::Instance()->GetPACSController()->LiberarInstanciaDeDICOMManager(pDICOMManager);
	}
	return ListaOverlays[indice];
}

